Die nationalsozialistische Besatzungsmacht nutzte
die Festung Theresienstadt als Ghetto bzw. Konzentrationslager und präsentierte sie der Weltöffentlichkeit als so genannte jüdische Mustersiedlung.
Die ersten Juden wurden im November 1941 nach Theresienstadt deportiert. Im Ghetto Theresienstadt wurden insgesamt 140.000 jüdische Männer, Frauen und Kinder gefangen gehalten, die Hälfte der Gefangenen kam aus dem Protektorat Böhmen und Mähren, weitere Gruppen bildeten jüdische Häftlinge aus Deutschland, Österreich, den Niederlanden, Dänemark, der Slowakei und Ungarn. Vom Ghetto aus wurden die Juden in die Vernichtungslager im Osten deportiert. Der erste Transport erfolgte im Januar 1942.
Dem Internationalen Roten Kreuz wurde Theresienstadt am 23. Juli 1944 als Musterlager vorgeführt.
Am Ende des Krieges wurden über 15.000 Häftlinge in das Ghetto deportiert, die aus den östlich gelegenen Konzentrations- und Vernichtungslagern evakuiert worden waren.
Im Gestapo-Gefängnis, das in der Kleinen Festung untergebracht war, waren etwa 32.000 Menschen inhaftiert, die vor allem aus den böhmischen Ländern (ungefähr neunzig Prozent) stammten.
Im Konzentrationslager von Leitmeritz hielt man etwa 18.000 Personen gefangen. Die größten Gruppen unter ihnen bildeten jüdische Häftlinge vor allem aus Polen, Ungarn, der Sowjetunion und Jugoslawien.
Im Herbst 1941 begann die deutsche Führung, tschechische Juden in Theresienstadt zu ghettoisieren. Später wurde das »Musterlager« Bestimmungsort vor allem für Deportationen von Juden aus dem Deutschen Reich. Im Januar 1942 begannen die Transporte in die Vernichtungsstätten im Osten. Insgesamt starben im Ghetto Theresienstadt 33.000 Menschen jüdischer Herkunft, etwa 88.000 wurden in die Vernichtungslager deportiert, nur 19.000 gerettet.